納稅義務人委託會計師查核簽證，雖如期申報但逾期繳納稅款，即無所得稅法第39條盈虧互抵之適用財政部中區國稅局表示，轄內某公司100年度營利事業所得稅結算申報案件，列報課稅所得額為1,200萬餘元(當年度全年所得額2,200萬餘元，扣除前10年虧損1,000萬餘元)，案經查核發現該公司雖於101年5月31日完成結算申報，惟逾期至6月1日繳納稅款，乃視為普通申報案件並否准適用前10年盈虧扣除，重新核定課稅所得額為2,200萬餘元，並補稅170萬餘元。

該局說明，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定的前10年各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課，為所得稅法第39條所明定。另營利事業所得稅結算申報須知第11點規定會計師辦理營利事業所得稅查核簽證申報，應如期提出申報書並繳納稅款，否則視為普通申報案件處理。

該局進一步說明，公司適用盈虧互抵，上述法定要件缺一不可，縱然公司會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均經會計師查核簽證且如期申報，惟逾期繳納稅款者，仍將視為普通申報案件處理，無法適用前10年虧損扣除之規定。